Le département de Río Negro est situé dans l'ouest de l'Uruguay.
À l'ouest du département, se trouve l'Argentine et entre les deux, le fleuve Uruguay. Au nord, le Paysandú le délimite, il y a à l'est le Tacuarembó, au sud est, il y a le Durazno et le Soriano qui délimite le département sur le reste des frontières sud. La limite avec ces deux derniers départements est marquée par le cours du Río Negro qui se jette dans l'Uruguay.
Il y a deux chaînes de collines dans le département, la plus importante est la Cuchilla de Haedo qui descend du nord est pour se terminer sur le fleuve Uruguay. La seconde est celle de Navarro qui s'étend dans le sud est du pays, le long de la frontière avec le Durazno.
Avec le fleuve Uruguay à l'ouest et le río Negro au sud, le département possède de nombreux cours d'eau affluents dont le plus long est l'arroyo el Grande.
Le département a été créé en 1868 à partir du territoire du Paysandú.
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